Bồ Đề xưa cũng là tên một bến nước thuộc làng Phú Viên (tức Bồ Đề) ở ven sông Hồng về phía Gia Lâm. Cuối năm 1426, Lê Lợi đem quân từ Lam Sơn (Thanh Hóa) ra đánh quân Minh, đã đóng quân ở đây để vây thành Đông Quan. Ở đây có hai cây bồ đề lớn, nay không còn, mà nghĩa quân Lam Sơn đã có doanh trại đóng xung quanh cây này. Doanh trại của Lê Lợi tại đây còn được gọi là "dinh Bồ Đề". Cỏ Bồ Đề đã đi vào trong câu hát đồng dao của trẻ em:

Ở đây, cỏ Bồ Đề là cỏ mọc ở vùng Bồ Đề. Sau này có nhiều người cho rằng cỏ bồ đề là một loài cỏ nào đó, là điều không chính xác.

Mạc Mậu Hợp từng bị chém tại bến đò này năm 1592.

Đoạn sông Hồng có bến Bồ Đề gọi là sông Bồ Đề.